Нео-Атлантис — возглавляется императором Нео, членом королевской семьи, и Гаргойлом. Ставит целью возродить былое величие Атлантиды. Так как человечество изначально было создано, чтобы служить атлантам, организация считает людей своими слугами. Для захвата мира организация использует флот подводных лодок, Сарганов, занимающихся пиратством, и постепенно воссоздаваемое оружие атлантов, в первую очередь — Вавилонскую Башню.

Наутилус — возглавляется капитаном Немо, королём Тартеса. В отличие от Гаргойла, Немо считает, что этот мир принадлежит людям и пришельцы уже ничего не могут в нём сделать. Организация имеет основную базу под Антарктидой, использует затопленный город атлантов как кладбище. Из вооружения имеет одну подлодку «Наутилус», одолевающую флот Сарганов превосходством технологии. (На самом деле «Наутилус» — один из малых космических кораблей атлантов, слегка адаптированный для действий под водой.) Позднее, когда Наутилус был уничтожен, Немо перешёл на древний боевой крейсер Ексерион.

Гратан — трио злодеев, изначально охотившихся за Надей на танке-вездеходе «Гратан». Позднее, вместе с Надей и Жаном, присоединились к Наутилусу. В последних сериях пожертвовали своим танком, чтобы уничтожить очередную Вавилонскую Башню.