Для начала - вы знаете, что третий фильм матрицы снимался не по оригинальному сценарию Вачовски, а по измененному? В оригинальном, Нео получал в реальном мире такие же супер силы, что и в матрице. Не смотря на то, что он участвовал при обороне зеона от машин, машины все равно уничтожил всех людей в зеоне, включая морфиуса и тринити. Обезумевший Нео начал прорываться к городу машин, уничтожает его вместе с главным ЦП матрицы, что приводит к полному уничтожению и матрицы, и людей, которые в этой матрице находились. После этого Нео взрывает сам себя (способность устраивать сверхмощные взрывы была в комплекте с остальными силами), и... Оказывается в белом пространстве из первого фильма, на том же кресле. Перед ним сидит архитектор, который рассказывает про уникальность Нео из-за его любви. Нео его перебивает - "Где я? Я мертв! Матрица уничтожена! Все люди уничтожены!". И тут архитектоо, что зеон - тоже часть матрицы. Ни один человек не отключался от матрицы. И придуман он специально для людей, которые начали подозревать, что матрица - это матрица. Чтобы не попытались выбраться из матрицы по настоящему. Просто иллюзия того, что они избавились от матрицы. Когда таких становится слишком много, случается перезагрузка, и... В конце фильма Нео возвращается к своей обычной жизни, как он жил до того, как узнал про матрицу. Внутри матрицы же.
Но по каким то непонятным причинам режиссеры настояли на том сценарии, который мы знаем. Почему? Я вот подумал - существует много групп, сообществ, сайтов, посвященных теории заговоров, а что если это такой же зеон, придуманный той же мироаой закулисой? Просто изоляция от других людей (учитывая репутацию таких сайтов, которую создали понятно кто)? Иллюзия правды?