Уважаемые аноны! Мне нужна ваша помощь в поиске подходящей программы для морфометрии. (Или помощи в работе с ImageScope).Я морфолог (такой врач, который смотрит стекла, с приготовленными и окрашенными гематоксилином-эозином микропрепаратами органов животных и людей), и для адекватной работы мне нужно решить следующие задачи: (как минимум)1) На пике №1 изображено поле, на котором много синих овалов и коричневых овалов. Мне нужно подсчитать (вручную) общее количество и тех и других, но при этом знать число коричневых овалов.2) На пике №2 изображено поле, где есть области, построенные из разных овалов. Между этими областями имеются прослойки розового цвета. Мне нужно узнать площадь, которую занимают эти прослойки.Вот и все задачи. Аноны, не стал бы отвлекать ваше внимание, но фирма-дистрибьютор за оригинальное ПО требует овер 2к евро! Помоги отечественной науке, анон!
>>2063281 (OP)Paint.net же есть. Лассо выделяешь свои розовые хуевины и оно покажет площадь в пикселях. Микроскоп там тебе пишет масштаб, так что ты сможешь пересчитать пиксели в нанометры или что там у вас.
>>2063328Благодарю, анончик!
>>20633281 пиксель на дюйм = 0,0393700787401575 точка на миллиметр [точка/мм]Переводить площадь в пикселях в точки на миллиметр?
>>2063328И возникает такой вопрос: пикчи получены съемкой камерой микроскопа с разным увеличением. Ну или допустим, я сделаю все пикчи с увеличением х200. Каким образом это учитывать в высчитывании площади, занимаемой той или иной структурой?
>>2063347Я хз, у меня нет микроскопа. Там разве на снимках оно не рисует полоску масштаба? Типа как на этом снимке?
>>2063352Увы, не в моем случае.
>>2063281 (OP)>подходящей программы для морфометрии. (Или помощи в работе с ImageScope).Начни с того, чем тебе не подходит ImageScope.Или ты хочешь, чтобы кто-то за тебя прочитал инструкцию и потом разжевал?
>>2063328>пересчитать пиксели в нанометрыВот этот момент поподробнее? Пиксели рззве не безразмерная величина, зависящая от конкретного устройства?
>>2063369Инструкцию я прочел (и уже не один раз). Но, почему то, конкретные задачи (а именно №2) не поддаются выполнению. Скачал дополнительно ADCIS Stereology Toolkit, но он совершенно ни в чем не помог.
>>2063369ImageScope уже снят с продажи, его и бесплатно найти можно (что я и сделал).
>>2063389>почему то не поддаются выполнениюНу охуеть теперь, а анонимы из /s/ сейчас за пять минуток разберутся и тебе пояснят.Я бы советовал тебе сходить на медач, там и то больше вероятности получить помощь. Здесь тебе могут только посоветовать написать программу/код самому, что ты не осилишь.
>>2063395Код не осилю, конечно. Я надеялся, что существуют еще проги для металлографии, стереометрии в ней и здесь есть знатоки.
>>2063387В файле изображения - нет. У тебя пикча 100х100. Ты её можешь использовать как угодно: уменьшить, увеличить. Но в оригинальном файле, конечно, ничего не изменится.Тебе в любом случае нужен какой-то объект заданных размеров для калибровки.До этого ты как считал?Если ImageScope даёт возможность выделения участка изображения и перевода его в абсолютные единицы, выдели 10 пикселов и отталкивайся от полученных данных, ёпта.
>>2063401До этого был старый поломавшийся микроскоп с древней установленной программой ImageScope. Её больше не устанавливают, а предлагают новое ПО за 2к евро, вот потому и решился написать. Прошу прощения за некомпетентность в вопросах программного обеспечения.
>>2063387Короче. Пиксел - неделимая точка чего-то.Пиксел изображения не обладает никакими физическими размерами.А пиксел монитора обладает. Причём размер, естественно, не фиксирован.Из чего следует, что нужно работать с файлом, а не с монитором.
>>2063409>>2063401>>2063395>>2063369>>2063352>>2063328Благодарю, Аноны! Кое-какие идеи у меня есть, пойду на полон к профессору с ними. Может придумаем что-то.
>>2063413поклон*
>>2063389>Инструкцию я прочелНу и я её просмотрел. Вот эту https://drp8p5tqcb2p5.cloudfront.net/fileadmin/biosystems/PDF/Aperio_ImageScope_User_Guide.pdf , если что.На странице 48 написано, как приводить к масштабу по объекту известного размера на фото.На странице 62 указано, что можно смотреть площадь выделенных регионов.Как именно создавать регионы, после беглого просмотра не понял, но ведь можно.
>>2063404Тогда тебе нужно найти старый снимок и рассчёты к нему. Из них рассчитать какой реальной площади приравнивать пиксел изображения при данном увеличении.
>>2063415Об этом пишут на странице 56.
>>2063415Такого гайда у меня не было, он свежий совсем, спасибо!
>>2063416Думал о таком, но с микроскопом то ладно, а вот модель камеры и её настройки другие.
Да, и с Левенгуком все проще, чем с Лейкой, ИМХО.
>>2063427Но ты же, надеюсь, понимаешь, что тебе в любом случае нужен будет какой-то эталон?Без него ты вообще ничего не рассчитаешь. Найдёшь его - приходи.
>>2063429Да, понимаю. И, думаю, что у профессора, у которого стоит аналогичная камера (но без ПО для морфометрии) найдется для меня совет в плане этого самого эталона и масштаба. Мы с ним уже обсуждали данную проблему в плане измерения площади железистоподобных структур при аденокарциномах.
>>2063431Модель не вкинешь?Под левенгуки есть такое. А из четвёртой страницы этого https://www.levenhuk.ru/products/materials/0/LevenhukLite-calibration-ru.pdf гайда ясно, что соотношения вшиты в программу LevenhukLite https://www.levenhuk.ru/products/materials/0/LevenhukLite-CD-2017-03.rar
>>2063442Отпишусь об итогах разговора, там и конкретную модель узнаю. Но у него Leica.Левенгуки более открыты в этом плане, да, но у всех коллег стоит в основном Leica (хз почему).Лол. Вспоминаю время, когда морфометрией я занимался с помощью сетки Стефанова С.Б. Глаза после таких подсчетов лезли из орбит. Ну это лет 6 назад было. Сейчас ПО есть, но оно далеко не каждой лаборатории доступно.
>>2063447Ладно. Удачи тебе там. Вот ещё нашёл. http://cellprofiler.org
>>2063281 (OP)Синие овалы красивые, но коричневые прослужат дольше
Доброго всем дня!Микроскоп с камерой умеет выводить масштаб на экран, поэтому все можно посчитать с теми способами, что вы посоветовали. НО. Скорее всего, лаборатория будет покупать оригинальное ПО. Увидим, что они скажут.
>>2063876> Скорее всего, лаборатория будет покупать оригинальное ПО.Это абсолютно правильный шаг. Понятия не имею, чем вы там занимаетесь, но если вам нужна точность, то вы либо должны платить вендору, который вам её будет по всем документам гарантировать, либо иметь достаточную компетенцию для того, чтобы самостоятельно написать/настроить софт для этих целей, и вот в данном случае всем здесь очевидно, что ты (конкретно ты, про лабораторию нам ничего не известно) не готов идти по второму пути.Конкретно я охуел с того, что ты вообще не понимаешь (или не понимал на момент начала треда, что одно и то же), как по количеству пикселей считать площадь. Черт побери, серьезно, это же не уровень совсем, можете с таким же успехом просто собирать людей вокруг снимка, хуй к носу прикидывать и предполагать площади.Иаков, брате, еби лёжа.мимопроходил
>>2067253Основное, все же, тут не площадь, а именно численное количество овалов разного цвета. Про площадь я приписал на всякий случай (работая с прежней версией ImageScope я знал о такой функции). А суть то в том, что закупщики мне писали в письмах : "МЫ ПОДУМАЕМ. ТАНЬ, ПОСМОТРИ, ХВАТИТ ЛИ ДЕНЕГ". И все в таком духе. Это меня напрягло значительно. Программа стоит около 2к евро.
>>2067253Но я полностью согласен с твоим критичесиким замечанием: таки без профессионального ПО я не знаю, как по пикселям посчитать площадь. Только, если оперировать относительными величинами.
>>2072681критическим*
>>2063347В инструкции к микроскопу должны быть размерные множитель объективов
