Лучшим примером успехов Вейсхаупта и его умения быстро приспосабливаться к условиям, являются его действия против религии. В те времена нападение на религию было предприятием гораздо более дерзким и необычным, чем в наш просвещённый век, в котором мы уже долго сожительствуем с коммунизмом; мы не видим уже ничего необычного в предложении, которое в эпоху Вейсхаупта должно было показаться невероятным: чтобы люди, дойдя до принятия идеи о Боге, могли сами, по собственно воле, повернуть вспять.
Первоначальной идеей Вейсхаупта было сделать огнепоклонство религией иллюминизма. Это однако вряд ли привлекло бы к нему сторонников из среды духовенства, и он нашёл лучшую приманку, на которую попались очень многие из них. Он стал утверждать, что у Иисуса Христа была «тайная доктрина», никогда не объявленная открыто, ко видимая при внимательном чтении Евангелия «между строк». Суть её якобы заключалась в том, чтобы отменить религию, поставив на её место разум: «когда наконец Разум станет религией всех людей, проблема будет решена». Перспектива войти в тайное общество, истинным основателем которого был сам Иисус Христос и следовать Его примеру, употребляя слова для сокрытия их смысла, показалась многий духовным лицам столь заманчивой, что они охотно бросились в раскрытые перед ними двери. В те времена они выглядели довольно странно; в наше время священнослужитель-коммунист стал привычной фигурой.
Втайне вожди иллюминизма потешались над ними. Главный сотрудник «Спартака», некий «Филон» (это был ганноверский барон Книгге) писал: «Итак мы скажем, что Иисус вовсе не собирался основывать новую религию, а лишь хотел восстановить естественную религию и разум в их древних правах. Для пояснения можно будет привести множество текстов из Библии, и таким образом все споры между сектами прекратятся, как только будет найдено разумное объяснение Христова учения, будь оно правильно или нет… Тогда эта публика увидит, что только мы — истинные и настоящие христиане, а после этого мы сможем сказать ещё больше против попов и князей; я устроил так, что после начальных испытаний можно было посвящать в эту степень прелатов и королей. В дальнейших, более высоких таинствах мы должны будем: (а) раскрыть благочестивый обман и (б) разоблачить во всех писаниях ложь всех религий и их связь между собой…»
«Спартак» был весьма доволен, отвечая: «Вы не можете себе представить, какую сенсацию вызывает наша священническая степень. Самое замечательное — то, что известные протестанты и богословы-реформаторы, примкнувшие к иллюминизму, всё ещё верят, что в его религиозных догмах живёт истинный дух христианства. О, человек, в чём только нельзя тебя убедить! Я никогда не думал, что стану основателем новой религии».
Убедив служителей церкви, что ересь — это вера, а антихрист — истинное христианство, Вейсхаупт добился больших успехов в Баварии. Его корреспонденция отмечает, что профессоров не-иллюминатов уволили из Ингольштадтского университета, что орден обеспечил священников-иллюминатов «хорошими доходами, приходами и должностями при дворе», что школы уже в руках иллюминатов и что скоро будет захвачена и духовная семинария для молодых священников, после чего «мы сможем обеспечить подходящими священниками всю Баварию».
Нападки Вейсхаупта на религию были отличительной чертой его доктрины. Его теория о «боге Разума» и «боге Природы» очень близки к иудаизму, в его отношениях к неевреям, что не лишено значения, поскольку иллюминизм позже стал коммунизмом, а коммунизм попал под еврейское руководство. В иудейском «законе» тоже говорится, что неевреям (которые, как таковые, исключены из будущего мирового еврейского царства) должна быть доступна только религия природы и разума, именно то, что учил Вейсхаупт. В воспоминаниях Моисея Мендельсона (Moses Mendelsohn, еврейский философ, 1729-1786), говорится: «Все наши раввины согласны в том, что писаные и устные законы, составляющие нашу религию, обязательны только для нашей нации: Моисей дал нам Закон, наследие сынов Иакова. Мы верим, что Бог велел всем другим народам земли следовать законам природы… Кто следует в своей жизни указаниям этой религии природы и разума, считаются у других народов праведными людьми».